Después de una brillante actuación durante la Primera Guerra Mundial como comandante de un submarino, entró en una profunda crisis personal de la que salió decidido a entregarse al servicio del evangelio. Fue ordenado pastor de la iglesia evangélica en 1924. De este importante período de su vida dejó testimonio escrito en su obra Del submarino al púlpito (1939).

Anclado firmemente en su fe cristiana, aunque antes fuera cómplice del entusiasmo nacionalista, desde que atisbó el poder avasallador del movimiento nazi, se opuso frontalmente a él. En particular desde que Hitler, con la colaboración de Ludwig Müller (obispo del Reich) y en desarrollo de la política totalitaria de homogenización, denominada oficalmente Gleichschaltung, impuso sobre las iglesias protestantes al grupo de los Deutsche Christen (cristianos alemanes), agrupación que uniría las 28 iglesias regionales en torno a una denominada Iglesia Evangélica Alemana (Deutsche Evangelische Kirche o DEK). La DEK impuso el “parágrafo ario” (Arierparagraph) que excluía de la iglesia a todo creyente con antepasados judíos.

Niemöller no quiso ceder la autonomía y con el objeto de preservar la independencia de la iglesia luterana de los avances del poder totalitario, fundó -en 1934- la Liga Pastoral de Emergencia (Pfarrernotbund) y asumió la conducción de la Iglesia Confesional (Bekennende Kirche), movimiento opositor que se diferenció claramente de los cristianos simpatizantes del nazismo. En el marco del Sínodo General de mayo de 1934, la Iglesia Confesional se declaró como la legítima representante del protestantismo en Alemania y atrajo a sus filas a más de siete mil pastores. Esta oposición le granjeo la persecución. Sufrió encarcelamiento durante largos años (en los campos de exterminio de Dachau y Sachsenhausen), desde 1937 hasta 1945.

Terminada la guerra, no dudó en proclamar la culpabilidad de los alemanes y de las iglesias alemanas en los crímenes cometidos por el nazismo. Llevando tan profundas las heridas de la guerra, no es extraño que se convirtiera en un destacado partidario del movimiento pacifista. Proclamando ese ideal de paz, recorrió Europa, la URSS, los Estados Unidos y Vietnam del Norte. Se opuso abiertamente a la OTAN y al rearme militar de la República Federal Alemana; en 1983, se mostró contrario a la instalación de misiles en Pershing (Alemania Occidental).

Durante un  sermón en la Semana Santa de 1946 en Kaiserslautern Niemöller dijo lo siguiente -palabras más, palabras menos-:

"Als die Nazis die Kommunisten holten,
habe ich geschwiegen;
ich war ja kein Kommunist.

Als sie die Sozialdemokraten einsperrten,
habe ich geschwiegen;
ich war ja kein Sozialdemokrat.

Als sie die Gewerkschafter holten,
habe ich nicht protestiert;
ich war ja kein Gewerkschafter.

Als sie die Juden holten,
habe ich nicht protestiert;
ich war ja kein Jude.

Als sie mich holten,
gab es keinen mehr, der protestieren konnte."

En español:

"Cuando los nazis vinieron a buscar a los comunistas, guardé silencio, porque yo no era comunista.

Cuando encarcelaron a los socialdemócratas, guardé silencio,

porque yo no era socialdemócrata.

Cuando vinieron a buscar a los sindicalistas, no protesté,

porque yo no era sindicalista.

Cuando vinieron a buscar a los judíos, no protesté,

porque yo no era judío.

Cuando vinieron a buscarme, no había nadie más que pudiera protestar."

CAI (g), a 6 de marzo de 2018.